Het spel begint met een mysterieuze Duiker in het midden van de oceaan. Na het zoeken en zwemmen rond voor een tijdje, de Diver erin slaagt om te herstellen en het herstel van twee drones die haar helpen navigeren door de oceaan.
Door ABZU een grote witte haai zwemt rond het terroriseren van de drones van de Diver en het verstoren van de diepzee-avonturen van de Duiker. Onderweg activeert de Diver portalen die vissen bevrijden, ze terugsturen naar de uitgestrekte oceaan en tegelijkertijd een geheime coven onthullen die het mariene leven verder herstelt telkens als het wordt geactiveerd.
Elke interactie met de coven leidt ook de Diver dichter en dichter bij een duister geheim begraven op de bodem van de zee.
Nadat de grote witte haai de dronegeleiders van de Diver vernietigt, wordt de Diver overgelaten om ruwe signaalcommunicatie met de vissen te gebruiken om naast hen te zwemmen of in hun packs te reizen.
Tijdens een reis door enkele van de donkere delen van de oceaan, de Diver komt over een gebied vol met driehoekige, elektrische mijnen. Te dicht stuurt een schok door wie ze aanraakt. Verder in het spel de Diver komt dan over de grote witte haai, begraven onder een van de machines die een soortgelijk ontwerp van de elektrische driehoek mijnen heeft.
Na het bevrijden van de haai uit het puin, zowel de Diver en de haai team verder te verkennen waar de elektrische mijnen vandaan komen. Belanden ze zwemmen door onderhoud tunnels en high-tech gangen die uiteindelijk leidt tot een gigantische kamer gevuld met elektrische mijnen, en in het midden is een driehoekig moeder hersenen. De grote witte haai probeert de hersenen aan te vallen maar de moeder hersenen slaat terug, elektrocuteren zowel de duiker en van de haai.
De elektrocutie is zo ernstig dat het de buitenste schil van de Diver vernietigt en onthult dat de Diver eigenlijk een android is. De Diver ontdekt ook dat de grote witte haai is gestorven aan de elektrocutie.
Venturing verder door de oceaan onthult extra portals die meer vis bevrijden en uiteindelijk komt de Diver op een gigantische, geheime jachthaven die naar een restauratieportaal leidt dat niet alleen meer leven terug in de oceaan voedt nadat het is geactiveerd, maar het herstelt ook het lichaam van de Diver en brengt een spirit-versie terug van de grote witte haai.
Rijden op de grote witte haai, de Diver en haai verder naar de oceaan te herstellen terwijl het vernietigen van verankerde mechanische stations die werden gebouwd door de driehoek moeder hersenen. Uiteindelijk werd de haai en de Diver vinden de massieve, gezonken ruimteschip dat de driehoek moeder hersenen huizen en ze in te voeren in het, het opblazen van alle van de veiligheid mijnen en explosieven door de moeder hersenen, te vernietigen.
Plant leven begint te groeien rond de verwoeste schip, wat aangeeft dat het leven zal blijven floreren, terwijl de Diver een nieuw huis vindt in de oceaan.
De Diver was oorspronkelijk een van de onderwaterscouts van het driehoekige ruimteschip, maar tijdens de crash leek de Diver gescheiden te raken van de rest van het schip. De drone-verkenners probeerden de Diver terug naar het moederschip te leiden, maar de grote witte haai vernietigde ze, omdat het moederschip het zeeleven droogde en bepaalde vissen met de portalen probeerde te vangen.
Omdat de Diver haar geheugen verloren en moesten gaan op een reis naar haar afkomst te herontdekken, haar prioriteiten veranderen na het ontdekken van de schoonheid van de oceaan, en in plaats van het werken met de Illuminati ruimte droids, de Diver begint om gratis de vis te helpen, het herstel van de mariene leven en uiteindelijk een team vormen met de haai aan de moeder hersenen te vernietigen.
