Net als de vorige Vijf nachten bij Freddy's In games nemen spelers de rol aan van een bewaker die in de nachtploeg werkt op een zusterlocatie van de originele Freddy Fazbear's Pizzeria. De zusterlocatie is voorzien van de nieuwe Funtime-animatronics voor de Funtime Auditorium-shows.
De speler moet, net als in de andere spellen, vijf nachten overleven. Elke nacht wordt de bewaker geconfronteerd met een aantal problemen wanneer sommige animatronica tot leven komen, onder leiding van Ballora, een nieuwe ballerina-animatronic.
De nachtwaker wordt voor Ballora gewaarschuwd door een andere animatronic die tot leven komt: Circus Baby. Ze legt hem uit hoe ze bezeten is en dat ze vaak proberen de animatrons te 'repareren' door ze in de schepkamer 'uit te scheppen'. Dit houdt in dat hun endoskelet wordt verwijderd en in een nieuwe eenheid wordt geplaatst. Circus Baby legt echter uit dat ze zelfs na een bezoek aan de schepkamer nog steeds kapot zijn.
Het is onthuld dat Funtime Freddy, Funtime Foxy en Ballora – samen met een paar anderen – mensen hebben vermoord in het Funtime Auditorium. Tijdens de vierde nacht, wanneer twee reparateurs Ballora komen repareren, vermoorden zij en Foxy hen en hangen ze op op het podium waar ze gewoonlijk optreden.
De nachtwaker wordt door Circus Baby overgehaald om haar in de reparatieruimte te 'repareren'. Nadat Baby de chip van Circus Baby heeft verwijderd, overtuigt Baby de nachtwaker om naar de schepkamer te gaan, maar hij wordt belaagd door Ballora die hem probeert te vermoorden. De bewaker kan zichzelf niet verdedigen omdat de lichten allemaal uit zijn, maar Baby overtuigt Ballora ervan dat de nachtwaker er is om hen te helpen en hem te laten leven.
De bewaker wordt vervolgens door het donker naar de schepkamer geleid waar Circus Baby haar grootse plan onthult: aangezien de managers de animatronics blijven uitscheppen nadat mensen om hen heen ongelukken hebben gehad of zijn gestorven, besloten de animatronische poppen dat ze moesten ontsnappen, maar dat konden ze niet. doe dat niet in de pakken. Circus Baby kwam met het plan om de nachtwaker ervan te overtuigen haar te helpen, en dat zij hem in ruil daarvoor zou helpen overleven. Echter, nadat de nachtwaker de schepkamer heeft bereikt, gebruikt Baby de scooper om de nachtwaker te strippen en zijn lichaam over te nemen.
Het spel eindigt door de nachtwaker thuis te laten zien, starend in de spiegel. Voordat het spel op de aftiteling verschijnt, lichten de ogen van de bewaker op om te onthullen dat hij bezeten is door Circus Baby.
In een van de geheime eindes, zoals vastgelegd door RabidRetrospectGames, kan de nachtwaker via het Funtime Auditorium de privékamer betreden in plaats van tijdens nacht vijf naar de schepkamer te gaan. Als dit succesvol is gedaan, belandt de bewaker in de privékamer met monitoren en beveiligingspanelen om de animatoriek buiten te houden.
Er wordt een apart segment afgespeeld dat aangeeft dat de nachtwaker de volgende dag zal worden ontslagen omdat hij de privékamer binnengaat, maar eerst moet hij de nacht doorkomen tegen de animatronics die hem komen halen, vooral degenen die zich nu verraden voelen.
Aan het einde van de dienst keert de bewaker terug naar huis en begint televisie te kijken. Na het bekijken van zijn programma volgt een van de animatronics uit de schepkamer hem echter naar huis en loopt voor hem uit terwijl het scherm zwart wordt.
Sommige theorieën zijn dat Ennard de stem van Baby heeft overgenomen nadat ze naar de schepkamer is geweest en probeert de nachtwaker naar de schepkamer te lokken om zijn lichaam over te nemen. Er wordt uitgelegd dat de ogen van de nachtwaker aan het einde de ogen van Ennard weerspiegelen als hij in de spiegel kijkt, en niet de ogen van Baby.
