Telltale Games heeft het tweede seizoen afgerond Batman: De Vijand Binnen. Hoe het seizoen ook eindigt, het is een explosief, diepgeworteld en bloederig einde voor zowel Batman als The Joker. Een korte samenvatting van de gebeurtenissen voor degenen die de game het hele seizoen niet hebben gevolgd, kan een korte samenvatting vinden van de eindes die worden uitgelegd voor Batman: De Vijand Binnen hier.
Het seizoen begint met The Riddler die bepaalde individuen binnen de criminele underground van Gotham terroriseert. Batman raakt erbij betrokken en slaagt erin de Riddler te onderwerpen nadat Riddler Lucius Fox heeft vermoord. The Riddler wordt gedood direct nadat Batman hem ervan weerhoudt gerichte raketten op Gotham te lanceren. Hoewel er een mysterie is rond wie de Riddler heeft vermoord, wordt later onthuld dat de dochter van Lucius, Tiffany, een van haar drones met een gifpijl gebruikte om de Riddler te doden om wraak op hem te nemen voor de moord op haar vader.
Even terzijde, afhankelijk van hoe Bruce Tiffany behandelt, bepaalt of ze uiteindelijk als agent bij Amanda Waller gaat werken, of dat ze zich bij Batman voegt als sidekick.
Gedurende het seizoen moet Batman jongleren tussen de Dark Knight en de rol van Bruce Wayne, waarvan de laatste door Amanda Waller van de Agency wordt gedwongen om undercover te gaan als crimineel in een groep die bekend staat als The Pact, die bestaat uit Harley Quinn, Mr. Freeze en Bane. Waller maakt gebruik van de identiteit van Batman/Bruce Wayne om hem enigszins voor haar te laten werken.
Het Pact voert zijn terreur op Gotham op nadat The Riddler is vermoord, omdat blijkt dat Harley Quinn op zoek is naar een serum voor een virus dat kan worden gebruikt om te voorkomen dat ze net als haar vader aan een psychische aandoening bezwijkt. Alleen de Riddler had toegang tot het serum, maar met zijn dood heeft Harley pech.
Bruce blijft undercover bij The Pact om hun plannen van binnenuit te verstoren. Hij werkt samen met een ander lid van The Pact, John Doe, die hij tijdens het eerste seizoen oorspronkelijk ontmoette in Arkham Asylum.
John is mentaal onstabiel, maar krijgt een voorliefde voor Bruce nadat de twee elkaar hielpen tijdens een rel toen ze in Arkham Asylum waren. Afhankelijk van of Batman/Bruce aardig is en het vertrouwen in John bepaalt hoe hij zich ontwikkelt.
Terwijl Bruce en John deel uitmaken van The Pact, waar Harley, Bane en Mr. Freeze deel van uitmaken, wordt John verliefd op Harley en doet hij er alles aan om haar een plezier te doen. Hij heeft moeite om Bruce te helpen terwijl hij ook de taken uitvoert die Harley hem heeft opgedragen.
Uiteindelijk beginnen de zaken kapot te gaan, en The Pact implodeert als Amanda Waller hen met behulp van de Agency hardhandig aanpakt. De zaken culmineren tussen Harley en de Agency wanneer ze een impasse hebben op de brug, waar Harley dreigt een dodelijk virus te gebruiken op iedereen op de brug.
Er vindt een cruciaal moment plaats als zowel John als Bruce Harley willen bereiken, maar een handvol Wallers agenten eindigen dood en John vraagt Bruce of hij erop vertrouwt dat hij de agenten niet in koelen bloede heeft vermoord. Als Bruce John vertrouwt, werken de twee samen om Harley tegen te houden op de brug, maar Waller verraadt John en John springt uiteindelijk van de brug om te voorkomen dat hij wordt gedood. Als Bruce ervoor kiest John niet te vertrouwen, gaat John het diepe in en beschuldigt Bruce/Batman ervan zijn vertrouwen te schenden en hem alleen te gebruiken als middel om The Pact te stoppen. John zal naar de brug gaan, maar in plaats van Harley tegen te houden, werkt het duo samen om de brug op te blazen en een kus te geven voordat ze van de brug springen.
De finale ontvouwt zich op twee drastisch verschillende manieren, afhankelijk van hoe de relatie tussen Bruce en John zich in de loop van het seizoen ontwikkelde. Als Bruce en John samenwerken als burgerwachten, verandert John zijn naam in The Joker. Waller legt uiteindelijk een doelwit op hen beiden, uit angst dat John nog steeds een bedreiging vormt, wat ertoe leidt dat Batman en Joker samenwerken om Wallers geïmproviseerde Suicide Squad, bestaande uit Bane, Harley en Catwoman, neer te halen.
Batman raakt ernstig gewond tijdens de ontmoeting wanneer Joker het diepe in gaat door explosieven te gebruiken in een poging Waller te doden, waardoor het dak instort terwijl Batman probeert te voorkomen dat de bommen afgaan.
Catwoman helpt uiteindelijk Batman, die bijna dood is nadat hij door de val is gespietst. Joker neemt Waller gevangen tijdens de chaos op het dak en probeert haar te dwingen de dood van The Riddler te bekennen, zonder dat hij het weet dat Tiffany de Riddler daadwerkelijk heeft vermoord. Een ernstig gewonde Batman neemt het op tegen The Joker in de Ace Chemicals-fabriek, waar Batman erin slaagt Waller en Tiffany te redden tijdens een confrontatie met de Joker. Verschillende agenten proberen de Joker te onderwerpen, maar hij slacht ze af met messen. Tijdens het gevecht gebruikt Joker veel van de tactieken en technieken die hij van Batman heeft geleerd tijdens hun tijdtraining samen, waardoor Batman nog meer schade oploopt als de twee een laatste, bloedige confrontatie hebben met messen en batarangs.
Op de route van de slechterik werken Joker en Harley samen om Gotham te terroriseren. Harley wil nog steeds een serum en besluit het virus te gebruiken als een manier om Gotham's veiligheid los te kopen in ruil voor het serum. Ze wil ook Batman dood. Joker weet dat er geen serum is en dat Bruce Wayne eigenlijk Batman is, maar hij kiest ervoor die informatie voor haar achter te houden om dicht bij haar te blijven. De twee gaan rond met moorden - Harley met de bedoeling het serum te bemachtigen, en Joker doet het als een manier om Bruce terug te pakken omdat hij hun vriendschap heeft verraden.
Joker bedenkt een uitgebreid plan om Bruce te martelen vanwege zijn verraad, Jim Gordon gevangen te nemen en hem te dwingen Batman in de val te lokken. In ruil daarvoor geeft Joker Gordon een kaart van Gotham waar alle bommen met het virus zich bevinden. Joker schiet echter Gordons knieën eruit, zodat hij de bommen niet te snel kan stoppen. Joker ontdoet Bruce van zijn Batman-pantser en laat Bruce vervolgens door een leuk huis gaan waar Selina, Tiffany en Alfred zijn gevangengenomen. Joker dwingt hen een spel te spelen met als thema vertrouwen, zodat hij Bruce kan straffen voor zijn verraad.
Bruce en Selina slagen erin terug te vechten tegen Harley en Joker. Bruce en Joker vechten door het hele prethuis en Joker slaagt erin Bruce verschillende keren neer te steken voordat hij wordt uitgeschakeld. Bruce probeert Joker weer tot leven te wekken nadat hij denkt dat hij Joker heeft vermoord, maar Joker wordt wakker en steekt Bruce in de zij. De twee lagen op de grond, waar Bruce tegen Joker vertelt dat hij zijn hart heeft gebroken door hun vriendschap in iets lelijks te veranderen, maar Joker onthult dat ze, aangezien ze geen vrienden konden zijn, mooie vijanden zouden zijn.
In het slechterik-einde is Joker te zien in Arkham Asylum, terwijl hij speelt met een pop die hij van Bruce heeft gemaakt, er lippenstift op doet en tegen zichzelf praat. In het Vigilante-einde is Joker te zien in Arkham Asylum, maar hij krijgt onverwacht bezoek van Bruce Wayne, wat een glimlach op zijn gezicht tovert.
In beide eindes besluit Alfred dat hij genoeg heeft van de Batman en besluit te vertrekken. Bruce heeft de mogelijkheid om Alfred op te geven, zodat hij de misdaad kan blijven bestrijden als Batman, of om op te geven Batman te zijn, zodat Alfred blijft.
